Trường PTDT Nội trú THCS và THPT Mộc Châu được thành lập tháng 5 năm 1970, khi đó mang tên “Trường thiếu nhi dân tộc vùng cao”.

Trải qua từng giai đoạn, trường liên tục điều chỉnh quy mô đào tạo, từ cấp tiểu học, THCS, và đến năm 2017 chính thức mở rộng lên cấp THPT, trở thành mái trường nội trú từ lớp 6 đến lớp 12. Điều đặc biệt là có đến 99% học sinh là con em đồng bào dân tộc thiểu số vùng cao, vùng sâu, vùng xa. Các em sống và học tập nội trú tại trường, được thầy cô vừa dạy chữ, vừa thay cha mẹ chăm sóc, rèn luyện thành người.